A implementação do PCMSO é gerenciada por sistema informatizado, fundamental para a elaboração do Relatório Analítico Anual do PCMSO, com informações sobre o número de exames clínicos realizados, o número e tipos de exames complementares realizados, a estatística de resultados anormais dos exames complementares, categorizados por tipo do exame e por unidade operacional, setor ou função, e a incidência e prevalência de doenças relacionadas ao trabalho, categorizadas por unidade operacional, setor ou função.